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1、电场强度：电场强度是指每lcm的电位降，亦即电势梯度。电场强度愈高，带电质点移动速度也愈快。
2、溶液的ph值：溶液的ph值决定了化合物解离的程度，也决定了质点所带的净电荷。对蛋白质氨基酸等两性电解质，其溶液幽h离等电点愈远，质点所带净电荷愈多，向相反电极的电泳速度也愈快。
3、溶液的离子强度：溶液的离子强度越高，质点的泳动速度愈慢，但区带分离度却较清晰；反之则越快，区带分离度亦较差。所以电极溶液的离子强度需要选择比较好的数值。
溶液中带电粒子在电场 (e)中向着与它相异电荷的电极移动，它的移动速度(v)是电场(e)和粒子的有效迁移率(m)的乘积，即：v=me离子的有效迁移率是一个由许多因素(包括离子半径、溶剂化作用、介电常数、溶剂粘度、离子形状和电荷、ph、解离度和温度等)决定的物化系数。不同有效迁移率的粒子有不同的移动速度，因而可以彼此分离。
(4)电渗：在电场作用下对于固体支持物的相对移动称为电渗。由于固体支持物多孔，常吸附溶液中的正离子或负离子，使溶液相对带负电或正电，在电场中，溶液就向正极或负极移动。为此，在选择支持物时应尽量避免选用具有高电渗作用的物质。
其他如缓冲溶液的粘度、缓冲溶液与带电质点的相互作用以及电泳时的温度变化、电压不稳等因素也都能影响电泳速度。
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